Как и в случае с многими персонажами комиксов DC, история Брейниака (Brainiac) неоднократно переписывалась, но это не помешало ему стать одним из фирменных врагов Человека из Стали. Настолько популярным он стал, что только после его появления в английском языке появилось понятие Brainiac, обозначающее в разных случаях «Умник», «Гений» или «Задрот».
Изначально Брейниак был инопланетянином с планеты Брайяк. Полетав по космосу и вернувшись домой, Брейниак увидел, что вся планета вымерла от чумы. Поэтому он решил похитить жителей нескольких городов, вместе с самими городами, уменьшенными и помещёнными в бутылки, чтобы заново заселить планету. Потом название планеты сменили на «Колу», а намерения Брейниака сделали менее героическими.
Со временем и через тернии, препятствия, путаницу и ретконы было установлено, что Брейниак – это разумный компьютер, а гуманоидная внешность ему дана для маскировки. С той же маскировочной целью Брейниак создал для себя потомка — мальчика с планеты Колу, в мозг которого был встроен мощный компьютер. Мальчик получил имя «Брейниак-2», и восстал против машин. Он стал дальним предком Брейниака-5, члена Легиона Супергероев из 30 века.
В 1980-е годы Брейниак забыл про гуманоидную маскировку и соорудил себе механическое тело со зловещим выражением лица-черепа. И корабль соорудил соответствующий. Он неоднократно сталкивался с Суперменом, и неоднократно был побеждён.
Брейниак неоднократно сотрудничал с Лексом Лютором, но в последний раз перед Кризисом на Бесконечных Землях он буквально поработил Лютора, полностью взяв под контроль. Чтобы спастись от такого жалкого существования, Лекс уговорил Лану Лэнг с Земли-2, обладавшую к тому времени супер-способностями благодаря магическому амулету, свернуть ему шею. Как говорят в анекдоте, мёртвая женщина – ещё 2 часа женщина, а в данном случае мёртвый Лютор – ещё два часа Брейниак. Брейниак сдался, только когда тело Лютора начало коченеть.
После Кризиса историю Брейниака опять переписали. В новой истории фигурировал учёный Врил Докс с планеты Колу, приговорённый к смерти за попытку свергнуть компьютеризированное правительство. Перед смертью он перенёс своё сознание в тело циркового экстрасенса с Земли, Милтона Файна. Милтон Файн-Брейниак появился в сериале «Тайны Смолвиля». В комиксах же он успел взять под контроль своеобразный вариант Звезды Смерти — планету «Мир Войны», принадлежавшую Монгулу.
Используя уязвимость в компьютерной сети корпорации ЛексКорп, в наше время проник Брейниак-13 из 64 века и использовал тело Металло для хранения своей личности. При этом он переместил «нашего» Брейниака в тело сестры Лекса, Лены Лютор. Вместе они собирались победить Империекса, уничтожителя миров, и перезапустить вселенную, пересоздав её по своему образу и подобию. Впрочем, Супермен и Брейниака, и Империекса затолкал в Большой Взрыв. Тот самый, создавший вселенную. Нормальное решение.
В более свежих комиксах прошлое Брейниака было несколько более подробно раскрыто. Супергёрл рассказала Супермену, что Брейниак в прошлом уменьшил и похитил с Криптона город Кандор, собственно, столицу Криптона. И что Брейниак путешествует по вселенной, коллекционируя знания о культуре разных планет. Но напав на Землю, он получил неожиданно мощный отпор. Герои Земли его победили и отдал на расправу жителям многострадальной планеты Колу. Впрочем, ему удалось сбежать с планеты с супер-оружием.
Во вселенной New 52 Брейниак уже успел доставить кучу неприятностей Супермену. Он даже заразил его вирусом, потихоньку превращающим Человека-из-Стали в Думсдэя, ужасного и агрессивного монстра. Впрочем, при всём своём гениальном интеллекте Брейниак не рассчитал, что «Новый и Улучшенный» Супер-Думсдэй отправится за его головой. Брейниака вместе с кораблём затолкали в чёрную дыру, но нет сомнений, что он ещё вернётся.