В комиксах Marvel давно крутилась тема Акта о регистрации мутантов. Однако этот акт так и не ввели, права человека победили. Впрочем, тема регистрации вновь всплыла после нескольких случаев с участием суперлюдей, поставивших жизни обычных людей под угрозу. Сначала случилась массивная битва с суперзлодеями в Нью-Йорке — последствия «тайной войны» Ника Фьюри. Затем Халк психанул и пошёл ломать да крушить в Лас-Вегасе, из-за чего погибли 20 человек. Правительство обеспокоилось, и пошли разговоры на тему Акта о Регистрации Суперлюдей, в соответствии с которым зарегистрироваться в базе данных правительства должны были не только мутанты, но и любые «суперлюди», в том числе и «не-супер», вроде Капитана Америки.
Поначалу Тони Старк был ярым противником акта о регистрации. Он понимал, что введение Акта принесёт много проблем, в особенности, супергероям, ибо в мире полно крутых шпионов, способных вытащить данные даже из наиболее тщательно охраняемых баз данных. Кроме того, регистрация, по сути, означает серьёзное ограничение свободы.
Тони уже почти добился своего, сторонников Акта становилось всё меньше… но случился инцидент в Стэмфорде. Группа молодых супергероев, Новых Воинов (New Warriors), бывших на тот момент звёздами реалити-шоу, решила на камеру, образцово-показательно поймать нескольких суперзлодеев, среди которых был Нитро — злодей, умеющий взрываться. Битва шла относительно успешно, пока Нитро, запаниковав, не вздумал сбежать. Наморита, родственница Нэмора, остановила Нитро, ударив его об автобус, и едко высказалась в его сторону, а Нитро взял – и взорвался. Так как он в то время принимал Гормон Роста Мутации (Mutant Growth Hormone), повышающий уровень суперсил, взрыв был мощным. Этим взрывом Нитро снёс несколько кварталов, убил остальных трёх злодеев, всех (ну, почти) Новых Воинов и около 600 гражданских, в том числе 60 детей из школы, попавшей под раздачу.
Имидж супергероев в глазах общественности начал падать. Новых Воинов обвинили в смерти детей — супергероев, не состоявших в команде на момент трагедии, но известных, как её запасные участники, стали называть детоубийцами. Толпа «наказывателей» избила посетившего ночной клуб Человека-Факела (Джонни Шторма) так сильно, что он впал в кому. Щ.И.Т., под предводительством Марии Хилл, начал готовиться к введению акта. И у Акта начали появляться сторонники как среди обычных людей, так и среди героев.
Мария Хилл в ультимативной форме предложила Капитану Америке начать охоту за супергероями, не поддерживающими Акт. Капитан послал её куда подальше, ибо он считал, что супергерои не должны слепо подчиняться правительству. Ведь если правительство будет их контролировать, то оно же и будет определять, кто является суперзлодеями. Хилл попыталась арестовать Кэпа, но он воспользовался тем, что Акт ещё не был официально введен к тому времени, и она не имела право его официально взять. А неофициально Кэп дал дёру и начал организовывать сопротивление, собирая команду Тайных Мстителей (Secret Avengers).
Тони Старк же пришёл к выводу, что в Акте есть смысл, и начал выгораживать позитивные стороны Акта — зарегистрированные герои получат полную поддержку правительства, обеспечение, спонсирование на приобретение новых костюмов, социальная защита, медицинское обслуживание, курсы повышения квалификации. Он собрал собственную команду супергероев-сторонников Акта и вместе с Ридом Ричардсом (Мистер Фантастик) и Генри Пимом (Шершень) начал строить тюрьму №42 — тюремный комплекс, расположенный в Негативной Зоне, откуда, по идее, очень и очень сложно сбежать. Он убедил Питера Паркера публично снять маску.
Люди Икс старались соблюдать нейтралитет. Они и так изрядно настрадались, ведь не так давно случился День М, и 98% мутантов лишились сил. Выжившие мутанты поселились в поместье Людей-Икс, но вокруг поместья выставили стражу из, собственно, Стражей — новых моделей роботов, созданных для истребления мутантов. На сей раз без искусственного интеллекта, а с уютными кабинами в металлических «головах». Этими Стражами управляли люди. Кроме того, мутантам повживляли под кожу специальные чипы, позволяющие отслеживать их перемещение и бить током непослушных. Многие мутанты взбунтовались. Мистер М, могущественный мутант, удалил чипы, и часть мутантов покинула поместье. Людям Икс пришлось туго — сложно сохранять нейтралитет, когда тебя и раньше-то не любили, а сейчас и вовсе готовы убить при первой встрече.
Раскол наступил не только в рядах Мстителей. Бен Гримм, человек-камень из Фантастической Четвёрки, посчитал, что ситуация отвратительна с любой стороны. Особенно сильно он приуныл, когда в одном из нападений Тайных Мстителей на тюремный грузовик, перевозивший отказавшихся регистрироваться суперлюдей, погиб простой парень, обычный человек. Бен не захотел принимать участие в этом и рванул во Францию — Акт действовал только на территории США. Участились стычки между правительственными и «свободными» героями и злодеями. Барон Земо, под видом борьбы с преступностью, начал набирать суперзлодеев в свою личную армию.
Между сторонниками и противниками регистрации завязалась нешуточная битва, когда Старк решил попытаться поговорить с Капитаном Америкой, а тот не стал слушать и сразу полез махать кулаками. Переломный момент в битве наступил с выходом «на сцену» Рагнарёка — клона Тора. Лже-Top убил Чёрного Голиафа, шарахнув его молнией. Вот тогда-то просто разрозненные конфликты и превратились в настоящую Гражданскую Войну. Некоторые герои сдались и зарегистрировались. Некоторые, до того сохранявшие нейтралитет (например, Каратель), или бывшие на стороне Акта (например, Человек-Паук) примкнули к Капитану Америке.
Настало время для финальной битвы, стенка на стенку. С помощью Халклинга (героя-полускрулла) повстанцы освободили пленённых героев из тюрьмы №42, после чего столкнулись со сторонниками Акта. Битва переместилась в центр Нью-Йорка. Потери пошли с обеих сторон — Геркулес убил Рагнарёка, Мистер Фантастик был подстрелен, когда пытался спасти жену от Таскмастера. Сторона Кэпа взяла верх, и Кэп уже собирался добить Старка, но вмешались обычные люди, пожарные и полицейские. Поняв, что противостояние гражданских свобод и национальной безопасности превратилось в тупой мордобой, Кэп сдался. Некоторым Тайным Мстителям даровали амнистию, некоторым – нет. Акт был успешно введен. Стива Роджерса посадили в тюрьму, после чего его подстрелили из снайперских винтовок Кроссбоунс и загипнотизированная Шерон Картер, и Капитан Америка умер, но жизнь продолжилась, и в комиксах было ещё немало эпических событий. А позже и Стив Роджерс вернулся, но это уже совсем другая история.